Мохит Сингх
Разработка новых онкологических препаратов сильно затруднена гетерогенностью опухолей. Поиск новых мишеней и полезных модельных систем требует понимания пространственного ландшафта опухоли. Здесь, профилируя 40 срезов тканей и 80 024 участков захвата в различных типах тканей, форматах образцов и химии захвата РНК, мы исследуем полезность пространственной транскриптомики (ST) для открытия онкологии. Используя анализ сопоставленной патологии, который дает истинную информацию о составе среза ткани, мы подтверждаем точность и целостность ST. Затем, используя пространственные данные, мы показываем, насколько важны параметры глубины опухоли, такие как гипоксия, некроз, сосудистая сеть и изменение внеклеточного матрикса. В сингенных моделях рака мы также используем пространственный контекст для точного определения относительного расположения типов клеток, которые демонстрируют антикорреляцию опухолевых и иммунных клеток. На клинических образцах аденокарциномы поджелудочной железы мы демонстрируем методы идентификации целей и выделяем внутренние индикаторы опухоли и паракринную сигнализацию.