Биохимия пестицидов занимается механизмом действия средств защиты растений, таких как инсектициды, фунгициды, гербициды и аналогичные соединения, включая нелетальные средства борьбы с вредителями, биосинтез феромонов, гормонов и агентов устойчивости растений. Основное внимание уделяется биохимии и физиологии сравнительной токсичности, способу действия, патофизиологии, регуляторам роста растений, устойчивости и другим воздействиям пестицидов как на паразитов, так и на хозяев.